Стивен родился в Йоханнесбурге, провинции Трансвааль и свою профессиональную карьеру начинал в клубе "Аякс Кейптаун" из Пароу, находящегося на расстоянии 1400 км от его родного города. В январе 2001 года, после двухлетнего пребывания в южноафриканской команде, он перебирается в Амстердам, однако дебют в составе "Аякса" пришелся лишь на конец февраля следующего года, победный матч с "Бредой".

В "Аяксе" Стивен стал одним из лучших игроков наряду с такими звездами, как Златан Ибрагимович, Кристиан Киву, Найджел де Йонг, Рафаэль Ван дер Ваарт, Уэсли Снайдер и многими другими, вместе с которыми он дважды становился чемпионом Голландии - в 2002 и 2004 годах, еще столько же выигрывал Кубок Нидерландов и Суперкубок.

В январе 2006 года дортмундская "Боруссия" заключила с Пиенааром трехлнетнее соглашение. В немецкой команде он был призван заменить ушедшего в "Арсенал" Томаша Росицки. Однако ввиду непростого характера прижиться в новом клубе ему так и не удалось - партнеры по команде не приняли его в коллектив и порой даже высмеивали.

Сезон 2007/08 Стивен провел на правах аренды в "Эвертоне", после чего "ириски" выкупили его контракт за 2 миллиона фунтов стерлингов, а с самим игроком заключил контракт сроком на три года. В стане мерсисайдского клуба он провел четыре неполнах сезона, сыграл в общей сложности 133 игры и забил 12 голов, а также был признан лучшим игроком клуба по итогам кампании 2009/10.

В январе южноафриканец присоединился к "Тоттенхэм Хотспур", перед этим так и не договорившись о новом контракте с "Эвертоном". Спустя пару дней он дебютировал в футболке "шпор", выйдя в стартовом составе "шпор" в гостевом матче против "Ньюкасл Юнайтед" (1-1).

Всего в том сезоне он отыграл в 11 матчах за клуб, а первая победа с его участием была добыта в феврале на "Сан Сиро", когда "шпоры" обыграли "Милан" со счетом 1-0. Кроме того, в мае он помог своей команде одолеть "Ливерпуль" (2-0), победа над которым стала первой для лондонского клуба за 17 лет.

За национальную сборную ЮАР Пиенаар дебютировал в 2002 году и выступает в ней по сей день. Сейчас на его счету 57 матчей и 2 забитых гола, а также участие на Чемпионатах Мира 2002 и 2010 годов.